Das genaue Datum der Gründung Nerjas ist nicht bekannt, dennoch gibt es Hinweise dafür, das Nerja bereits zu den Zeiten des Abderramán III eine Kleinstadt war. Die erste schriftliche Information über Nerja stammt von der arabischen Dichter Ibn Sadí, einem Reisenden, der im Jahre 917 an Nerja vorbei reiste und den Ort als ein Bauernhof beschrieb, so groß wie eine Stadt, von dicht belaubten Obst- und Gemüseländern umgeben und bewundert von jedem der ihn betrachtete. Es war die Blütezeit der Brokat- und Seidenindustrie, die weltweit berühmt wurde. Die Araber gaben den Ort den Namen Naricha oder Narija, was reichhaltiger Brunnen bedeutet. Nerja gehörte zu dem Hof der Rayya und die Bevölkerung ließ sich unter dem Schutz des Schlosses nieder, dessen Reste immer noch an der Kreuzung der Straße nach Frigiliana und der Verbindungsstraße zur Mine zu sehen sind. Von vor diesen Zeiten gibt es keine Daten über die Besiedlung der Gegend in der sich Nerja befindet. Es bestehen jedoch gewisse Theorien darüber, dass Nerja bereits während dem Spätpaläolithikum bewohnt wurde, und nicht nur in den sogenannten 'Höhlen von Nerja', sondern auch in der Nähe von heutigen Stadtzentrum. Es wird ebenfalls angenommen, das es auch während der Römischen Herrschaft Niedersetzungen in Nerja gab. Eine Annahme die auf die Existenz der Römischen Stadt Detunda, des heutigen Maro, zurück zu führen ist. Bevor der Herzog von Nájera die Stadt Vélez eroberte war Nerja christlich. Der muselmanischen Bevölkerung wurde es erlaubt, weiterhin mit ihren ganzen Eigentümern hier zu verbleiben. Im Juni 1500 wurden alle sich in dem Bezirk der Stadt Vélez befindenden Ortschaften, Schlösser und Festungen anerkannt, darunter Nerja. Nach dem Aufstand der Mudejars (unter christlicher Herrschaft lebenden Mauren), und nachdem sie schließlich weggezogen waren, befiehl Doña Juana den ursprünglichen Christlichen die Zone wieder zu bevölkern. Sie zogen in die verlassenen Wohnungen ein und wurden der Plicht, jede Art von Steuern zu bezahlen, enthoben. Dieses Privileg wurde ihnen auch von Philipp III und Philipp IV eingeräumt. Ende des XVIII Jahrhunderts hat Nerja bereits ein Stadtverornetenamt, aus zwei Bürgermeistern, drei Abgeordneten und einem Kontrollbeamten zusammengestellt. Dies ist der Anfang der Unabhängigkeit, Beginn Nerjas des XIX Jahrhunderts.